Il Consiglio nazionale può avvalersi di consulenti e costituire commissioni di consulenza, di ricerca o di studio specifiche questioni (art. 17 del Regolamento generale del CONAF). Esse sono presiedute da un Consigliere su delega del Presidente.
Sono attualmente in attività 4 commissioni
- Commissione Nazionale Formazione Permanente
- Commissione Nazione Ordinamento professionale
- Commissione Nazionale Parametri e Studi di settore
- Commissione Nazionale Pari Opportunità